穿洞是指抬升脱离地下水位的或大部分已脱离地下水位的地下河、地下廊道，伏流或洞穴，其两端成开口状，并透光者。园区内以凤山地区穿洞较发育，且规模巨大。地质公园典型的穿洞有穿龙岩、社更穿洞、飞龙穿洞等。