澄江国家湿地公园以澄江和江洲洪泛平原湿地为核心，划分为五大功能区，即生态保育区、恢复重建区、科普宣教区、合理利用区、管理服务区。公园总面积864.00公顷，其中：

1、生态保育区分布于澄江主河道以及洪泛平原的部分区域，面积为306.60公顷，占湿地公园面积的35.49%；
2、恢复重建区分布于生态保育区两侧50m范围林地、农田、荒地；江州洪泛平原湿地的北半部分，面积为472.50公顷，占湿地公园面积的54.69%；
3、科普宣教区分布于江州洪泛平原湿地的南半部分，面积54.30公顷，占湿地公园面积的6.28%；
4、合理利用区分布于新规划取水口下游200m至大兴桥的澄江主河道两侧50m范围的林地、农田和荒地，面积为23.40公顷，占湿地公园面积的2.71%；
5、管理服务区分布于江州洪泛平原湿地的西南侧，面积为7.20公顷，占湿地公园面积的0.83%。
生态保育区和恢复重建区主导是保护和提高功能，科普宣教区和合理利用区主导利用和提高功能，管理服务区主导利用功能。