澄江湿地公园有维管植物 140 科 392 属 536 种，其中蕨类植物 23 科 29 属 41 种，裸子植物 1 科 1 属 1 种，被子植物 116 科 362 属 494 种。有国家Ⅱ级重点保护植物4种，广西重点保护植物4种。

澄江湿地公园内现有脊椎动物50目57科333种，其中鱼类6目17科70种，两栖类1目6科14种，爬行类2目9科27种，鸟类15目51科191种，哺乳类6目10科31种。另有浮游动物共有22科39属65种，底栖动物3门8纲63种。