六合国家地质公园博物馆，全面展示了地质公园的科学与文化，是青少年科普教育的重要基地。博物馆按顺序分为6个厅。一是接待和服务厅，为景区工作人员办公和游客接待的场所。二是多功能影视厅，介绍六合及桂子山景区的地质布局和特点。三是模型厅，按照等比例的设计将六合全区各个地质景观的全貌，用实物反映给游客。四是火山与石柱林展厅，通过23块地质资料展板和部分实物，让游客充分了解到世界各地和中国的火山分布，各地的火山类型及特点，了解石柱林的形成过程及特点。五是火山爆发演示厅，在图片介绍火山科学知识的基础上，制作火山喷发实物模型演示。融合喷发系统、声光电系统、软件控制系统、模拟岩浆流演示系统、热感系统等为一体，演示火山喷发实景，让游客有亲临火山喷发现场的真实感觉。六是雨花石展厅，展示南京特产六合雨花石供游客观赏。